Бывают ли пессимизирующие ссылки?

Бывают ли негативно влияющие на SEO сайта ссылки?

А то ж…

Зависит от возраста и “траста” сайта, если старый и посещаемый с хорошими ПФ, то ссылки с сомнительных доноров меньше влияют, при условии что уже есть нормальная ссылочная масса. Если новый, то спамные ссылки могут помешать продвижению.

Вопрос больше в соотношении плохих и хороших.

Плохие будут всегда — хотя бы “друзья” поставят, если проект старый и большой.